Pedigrees

La Feuille de Route de l’Eleveur

Par C.A. Sharp, traduit par Corine Graham
Double Helix Network News, Printemps 2004

 

Les feuilles de route vont vous dire où vous avez été et où vous allez.  Si vous élevez des chiens, les pedigrees sont vos feuilles de route.  Utilisés correctement, ils peuvent vous donner une bonne idée de l’endroit où vous devez aller.  Cela ne signifie pas que votre but est de créer quelque chose qui semble jolie sur papier.  Vous élevez des chiens, pas des documents, mais ces documents contiennent une mine de données et peuvent vous diriger vers des informations supplémentaires.   L’analyse de pedigrees et des informations complémentaires vous aidera à prendre des décisions de reproduction informées.

Chiens avec pedigrees

L’utilisation de pedigrees écrits est tellement intrinsèque à l’élevage de chiens de race que le grand public les voit comme des synonymes.  Pedigree = pure race.  Mais un pedigree n’est pas seulement une partie de la documentation que vous donnez avec un chiot quand il part vers sa nouvelle maison.

Le format standard d’un pedigree, parfois appelé un pedigree horizontale, est une liste des ancêtres récents classé par génération.  Outre les noms des ancêtres,  vous pouvez ou ne pouvez pas trouver  des informations supplémentaires sur des choses telles que le numéro de registre, l’apparence ou la date de naissance.  La plupart des pedigrees imprimés ne montrent que trois à cinq générations.  Plus le pedigree va en arrière et plus qu’il contient d’information supplémentaire, le plus utile qu’il est en tant qu’outil de recherche.  Cependant, il y a des limites à ce qui peut être mis sur une seule feuille de papier.  Un grand nombre d’informations essentielles sur les chiens notés ne peut être trouvé sur un pedigree imprimé.

Les pedigrees verticaux indiquent non seulement votre chien, ses parents et grands-parents, mais aussi tous ses frères et sœurs.  Il peut aussi contenir des informations sur des choses comme le statut des hanches et peut être utile pour déterminer si les traits polygéniques comme la DH peuvent être un trait familial.  Comme le pedigree horizontal, les informations énumérées sont limitées par la taille d’un morceau de papier.

Il y a un autre type de pedigree, souvent appelé un tableau de généalogie, qui part dans la direction opposée – d’un ou plusieurs ancêtres à travers leurs nombreux descendants.  Ceux-ci sont souvent présentés comme un tableau avec des carrés et/ou des cercles représentant des individus et des lignes indiquant des partenaires et des descendants. Le nombre de générations qui est montré dépend de la raison pour laquelle le tableau a été construit.  Les tableaux généalogiques peuvent aussi contenir une quantité limitée d’informations sur les individus cités.  Les chercheurs utilisent ce type de pedigree pour démontrer des exemples d’origine de caractères héréditaires.  Un éleveur peut l’utiliser pour montrer des descendants importants de l’un de ses chiens.  Si vous êtes une personne visuelle, la création d’un tableau généalogique de descendance et la notation de ce que vous savez sur les individus notés dessus peut vous aider à comprendre comment un trait coule à travers votre lignée ou peut vous indiquer comment un chien en particulier a significativement impacté votre programme d’élevage. 

La plupart du temps, nous nous appuyons sur la liste classique du chien, ses parents, grands-parents et ainsi de suite.  La création de pedigrees prenait dans le passé des heures de dactylographie pénibles ou de création à la main.  Grace à l’informatique, la gestion de l’élevage et des logiciels de généalogie sont facilement disponibles.  Des pedigrees papiers peuvent être imprimés selon les besoins ou affichés sur les sites web, parfois personnalisés pour inclure des informations supplémentaires sur les chiens, le logo de l’élevage, ou des photos.  Beaucoup plus de données peuvent être stockées dans le dossier de chaque chien que n’a jamais été possible sur un pedigree papier.

Suivi des Affaires

Que vous utilisez des dossiers papiers ou un ordinateur, vous devez enregistrer autant d’informations que possible sur tous vos chiens et autant de leurs apparentés que possible.  En outre, enregistrer des faits importants au sujet de chiens que vous pouvez utiliser dans votre programme d’élevage.  Ne négligez pas leurs apparentés non plus.  Les meilleurs logiciels d’élevage peuvent calculer le coefficient de consanguinité (COI).  Vous pouvez utiliser le COI pour surveiller le niveau de consanguinité chez vos chiens ou les saillies potentielles. 

 Au-delà des données descriptives et les titres standards, notez les forces et les faiblesses de chaque animal.  S’il a saillie, que savez-vous à propos de sa progéniture ? Est-ce que des apparentés ont déjà eu une maladie héréditaire ou une faute éliminatoire ?  Avec ce genre d’information facilement accessible, vous pourrez vous focaliser sur les meilleurs ajouts à votre élevage ou préparer une liste courte d’étalons potentiels pour votre chienne sans jamais quitter la maison ou décrocher le téléphone.

 Par exemple, si le point faible de votre chienne est des grassets droits, vous pouvez sortir les données sur les chiens que vous pensez pourrait être complémentaires.  Qu’est-ce que vos notes disent de leur angulation de grasset ?  N’oubliez pas de vérifier leur progéniture – sachant que le chien a toujours produit de bonnes angulations sera un autre point en sa faveur.  Regardez les frères et sœurs, les parents, les cousins et les autres apparentés.  Plus qu’il y en a qui ont des grassets corrects, plus le chien est susceptible de les produire.  Si votre chienne a déjà reproduit auparavant, les dossiers sur sa progéniture indiqueront à quelle fréquence elle donne des grassets défectueux et si des mariages antérieurs ont abouti à une amélioration.  Si les grassets droits sont quelque chose dont vous avez fait affaire depuis plusieurs générations, revenez sur les anciens dossiers de reproductions.  Quels mariages ont donnés régulièrement de bonnes angulations ? Vous pouvez déterminer si vous êtes susceptible d’obtenir un trait en particulier tant que vous avez suffisamment de données sur le pedigree.  Cela peut être fait pour n’importe quel trait, bon ou mauvais.  Il n’y a aucune garantie sur le résultat, bien sûr, mais le but de l’exercice est de tracer la route qui est la plus susceptible de vous rendre à votre destination souhaitée. 

 Traitement des chiffres

Si un trait est due à un seul gène, vous pouvez calculer la probabilité qu’un chien aura le trait en vous basant sur quels individus dans le pedigree ont présentés ou produit le trait et ce qui est connu sur la façon dont le gène est transmis.

 La couleur foie est récessive au noir.  Si votre chienne est de couleur foie et que vous souhaitez la reproduire avec un chien noir, vous savez que tous les chiots seront au moins porteur de foie parce que votre chienne a seulement les versions foies du gène.  La probabilité qu’ils seront au moins porteurs est de 100%.  Mais quelle est la probabilité que vous obtiendrez des chiots foie ?

 Si vous ne savez pas si le père est porteur de foie, vous avez besoin de regarder le pedigree.  Si l’un de ses parents était foie, il est porteur.  Il existe une probabilité de 50% qu’un chiot sera foie.  Si ses deux parents étaient noir, mais le chien a un frère ou sœur de portée foie, ses deux parents sont porteurs et il y a deux chances sur trois qu’il est porteur lui-même et une chance sur trois que vous obtiendrez un chiot foie si vous le faites reproduire avec votre chienne, ou 33,3% de probabilité.

 Que faire si vous ne connaissez pas le mode de transmission d’un caractère ou il est polygénique ?  La meilleure façon de calculer si un mariage va produire un trait d’héritage inconnu ou complexe est avec une analyse Best Linear Unbiased Prediction (BLUP).  BLUP a été utilisé avec succès pour maintenir des niveaux élevés de qualité marchande du bétail.  Il permet aux éleveurs de déterminer les Valeurs d’Elevage Estimées (EBVs) pour les troupeaux et volées ainsi que les individus, en compensant pour la gestion et autres différences environnementales.  Les EBVs d’un individu ou d’un groupe peuvent être utilement comparées à celles des autres.  Cela aide les éleveurs à sélectionner le bétail qui répond le mieux à leurs objectifs, qu’ils élèvent des animaux de production commercial ou des pur-sang. 

 BLUP peut être appliqué au même niveau dans l’élevage de chiens : Il est utilisé par Canine Companions for Independence and Seeing Eye, ainsi que chez certaines organisations de race en Europe.  A l’heure actuelle aucun des logiciels de pedigree d’élevage disponible dans le commerce ne peut faire une analyse BLUP.  Le calcul et l’analyse statistique nécessaire pour le faire à la main sont suffisants pour faire trembler tout mortel ordinaire.  Il exige également un ensemble de données beaucoup plus complet que la plupart des éleveurs pourront rassembler.

 Une technique d’analyse de pedigree plus pratique pour l’éleveur de chien moyen est une modification du pourcentage de l’ascendance.  Le pourcentage d’ascendance, parfois appelé pourcentage de sang, est utilisé pour déterminer combien un ancêtre individuel a contribué à la généalogie.  Chaque parent aura donné à votre chien 50% de ses gènes. Statistiquement, chaque grand-parent aura donné  25%, les arrières grands-parents 12,5% et ainsi de suite.  Il arrive un moment où la probabilité est très faible que votre chien aura hérité un nombre important de gènes de cet ancêtre en particulier sauf si l’ancêtre apparaît dans le pedigree plusieurs fois.  Si un seul chien est quatre fois un arrière grand-parent, il aura contribué à peu près autant de ses gènes que l’un ou l’autre des parents – 50%.

Exemples :
Oso est un grand-père et un arrière-grand-père : 25 + 12,5 = 37,5% d’ascendance.
Lady est une arrière-grand-mère deux fois et une arrière, arrière-grand-mère trois fois : (2 x 12,5) + (3 x 6,25) = 43,75%                  d’ascendance.

Oso se situe entre un grand-parent et un parent dans sa contribution potentielle au pedigree.  Lady est presque au niveau d’un parent.  Je dis « potentielle » parce que nous ne pouvons pas savoir exactement  quels gènes ont traversés les générations intermédiaires.  Cela peut être tout que l’individu a passé à son descendant immédiat ou ça peut être rien du tout.  Les chiens ont environ 20-30,000 gènes, donc dans la plupart des cas le nombre réel de gènes transmis va planer quelque part aux alentours du pourcentage d’ascendance.

Le pourcentage d’ascendance ne peut pas dépasser 50%.  Aucune femelle ou mâle ne peut être derrière plus de la moitié des lignées de descendance dans un pedigree.  Si vous arrivez à un chiffre supérieur à 50, vous avez fait une erreur.  Le pourcentage d’ascendance vous permet de déterminer combien les ancêtres individus ont pu avoir contribués aux gènes de votre chien.  Avec des modifications mineures, la même technique peut être utilisée pour déterminer à quel point vous êtes susceptible d’obtenir un trait particulier. 

Analyse en Profondeur

Pour déterminer le risque que vous obtiendrez de traits particuliers, examinez le pedigree pour les chiens qui ont eu ou qui ont produits le trait.  Sauf dans le cas des traits liés au chromosome X ou à un seul gène dominant, les deux parents de tout individu qui présente le trait sera porteur des gènes de ce trait.  Je vais habituellement un peu plus loin et je note les grands-parents des individus qui avaient le trait.  Avec des traits polygéniques, il est fort probable que les grands-parents portent aussi les gènes pour le trait. Il est également très probable que vous n’aurez pas une information complète, en particulier si le trait en est un que les gens ne veulent pas admettre que leurs chiens ont.  Cependant, vous pourriez avoir de l’information sur un ou plusieurs petits-enfants atteints.  J’appelle les grands-parents de chiens atteints des porteurs « suspect ».  Les suspects ne doivent pas porter le même poids que les chiens qui ont présenté le trait ou qui l’ont produits, mais les incluant dans votre analyse est une technique pour intégrer l’ampleur du pedigree nécessaire pour évaluer le risque de produire des traits polygéniques comme la dysplasie de la hanche.  Vous pouvez efficacement inclure de l’information d’un pedigree vertical sans avoir à créer un tel pedigree. 

Le plus en arrière que vous allez avant de trouver un chien relié à un trait, le moins que le chien contribue au risque.  Les chiens qui ont un trait sont les plus susceptibles de le transmettre, les parents un peu moins et les grands-parents encore moins.  Les ancêtres plus lointains sont moins susceptibles à chaque génération subséquente d’avoir contribué les gènes nécessaires.

Combien de générations à analyser derrière votre chien ou un mariage potentiel dépend d’un certain nombre de facteurs.  Si le trait est facilement reconnaissable (couleur, type de poils) ou communément discuté (dentition) ou si l’information est facilement disponible (dossiers de performance), trois générations pourraient suffire.  Toutefois, si l’enregistrement du trait ne concorde pas ou que les gens n’en discute pas par peur de stigmatisation, cinq générations peuvent être plus révélatrices.   Au-delà de cinq ou six générations, la probabilité que le trait pourrait avoir été transmis sans que quelqu’un le note devient de plus en plus improbable.

Lors de l’analyse d’un pedigree, commencez avec la première génération et partez vers l’arrière le long de chaque lignée de descendance.  Une fois que vous trouvez un individu relié au trait que vous recherchez, notez s’il était atteint, porteur ou suspect.  Une fois que vous trouvez quelque chose, ne procédez pas plus loin le long de cette lignée en particulier.  Si vous notez des ancêtres plus lointains derrière ce chien, vous allez gonfler votre résultat.    Par exemple, si vous trouvez que le grand-père paternel a produit la couleur qui vous intéresse,  il n’y a pas d’importance que son père était de cette couleur ; le grand-père est le chien le plus proche que vous connaissez qui a le gène, donc passez à la grand-mère paternelle.  Si elle n’a aucun lien avec le trait, regardez son père et ainsi de suite.  Continuez sur chaque lignée de descendance jusqu’à ce que vous trouviez quelque chose ou que vous atteignez la dernière génération que vous cherchez.

 La tâche suivante consiste à déterminer la probabilité que vous obtiendrez le trait.  Ce ne sont pas des calculs de probabilités précises.  Au contraire, c’est une méthode de classement comparatif cohérent.   Qui est plus haut et qui est plus bas, avec le plus bas étant préférable pour des traits indésirables, comme les maladies héréditaires.  Si vous étiez en train de regarder des traits désirables, vous voulez un chiffre haut.

 Je désigne une valeur de 10 à un chien atteint qui apparaît comme un parent sur le pedigree, 5 pour un porteur et 2,5 un suspect.  Pour chaque génération en arrière, je divise ce chiffre en moitié.

Exemple :
Un suspect apparaît comme un arrière grand-parent  –  2,5 (score de base pour un suspect) divisé par 2 (grand-parent) divisé         par 2 (arrière grand-parent) : 2,5/2/2 = 0,625 (que j’arrondis à 1)

Vu que le sexe n’est pas un problème dans ce type de recherche, les valeurs supérieures à 5 (équivalent à 50% en pourcentage du calcul de l’ascendance) peuvent facilement arriver.  Il est également possible d’obtenir des valeurs de plus de 10 (par exemple, si le père est atteint et la mère était une fille d’un porteur, le score serait 12,5).  Même si cette procédure est similaire à et basé sur le pourcentage de l’ascendance, le résultat n’est pas un calcul de pourcentage.  J’ai délibérément passé à une échelle de 10 points pour aider à éviter de la confusion avec les pourcentages.

Un pedigree que j’ai étudié récemment pour l’épilepsie avait un parent suspect (2,5), un arrière grand-parent porteur (1,25) et cinq suspects sur la 5e génération (5 x 0,157).  Cela s’est traduit par un score de 4,535.  Comme les fractions d’un point ne sont pas significatifs pour le résultat final, j’arrondis au chiffre entier le plus proche ou, pour tout ce qui est en dessous de 1, à 1.  Pour des raisons similaires, j’ai fait de 10 mon score maximum – une fois que vous avez atteint 10 points, vous êtes très susceptible d’obtenir le trait.  Si vous préférez utiliser des fractions, des scores de plus de 10, ou une échelle de 100 points, c’est tout à fait acceptable tant que vous êtes cohérent dans ce que vous faites.

Les Bonnes Choses

Le système ci-dessus fonctionne le mieux pour les traits que vous ne voulez pas et ceux que vous voulez mais qui sont rare.  Pour les bonnes choses qui se produisent la plupart du temps, vous devrez déterminer la cohérence de ce trait dans un pedigree horizontale ou, mieux encore, dans un pedigree vertical. 

La méthode du modification du pourcentage de l’ascendance fonctionnerait bien pour déterminer le risque de dysplasie de la hanche, mais si ce que vous voulez déterminer est la probabilité que vous obtiendrez de bonnes ou excellentes hanches dans un mariage potentiel, vous feriez mieux de regarder les résultats de hanches à travers un pedigree vertical.  Avoir d’excellentes hanches derrière votre chien n’est pas une garantie qu’il ne produira pas de DH.  Mais s’il y a peu ou pas de DH dans le pedigree vertical en regardant en arrière deux ou trois générations et les résultats étaient largement bon ou excellent, les chances sont bonnes que votre chien va produire de bonnes ou excellentes hanches dans sa descendance.

Compléter la Feuille de Route

Suivez les procédures décrites ci-dessus pour chaque trait que vous jugez important.  Vous pouvez utiliser les résultats pour déterminer les faiblesses potentielles dans un pedigree particulier et dresser un plan d’amélioration.  Un pedigree est vraiment votre feuille de route en tant qu’éleveur.  Que cela vous aide à trouver votre chemin ou non dépendra de la façon dont vous avez pris connaissance des panneaux de signalisation et des repères que vous avez découvert le long du chemin.